پیشرفت‌ها در توالی‌یابی DNA و حجم عظیمی از داده‌های ژنومی که توسط فناوری توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) تولید می‌شود، فرصتی برای ایجاد نرم‌افزار برای زیست‌شناسان ایجاد کرده است تا بتوانند راحت‌تر این داده‌های بزرگ را تجزیه و تحلیل کنند و جهش بعدی را انجام دهند. وقتی نوبت به ساخت واکسن‌های جدید، درمان‌های سرطان و غیره می‌رسد، می‌تواند کمک کند.

در چهار سال گذشته، MiLaboratories، یک استارت‌آپ مستقر در سانفرانسیسکو با یک مرکز تحقیق و توسعه در بیلبائو، اسپانیا، در حال ساخت یک پلت فرم زیست‌شناسی محاسباتی است تا پردازش، تجزیه و تحلیل و تجمیع داده‌هایشان را برای زیست‌شناسان آسان‌تر کند. دارای ویژگی هایی مانند تجسم داده ها و هوش مصنوعی مولد برای افزایش قابلیت استفاده است.

پلتفرم آن همچنین به گونه‌ای طراحی شده است که بازاری برای دانشمندان دیگر باشد تا بتوانند ابزارهای محاسباتی تخصصی‌تری را در قالب برنامه‌ها توزیع کنند تا به گسترش ابزار برای جامعه تحقیقاتی ژنومیک ادامه دهند. MiLaboratories دانشمندانی را هدف قرار می‌دهد که مجموعه مهارت‌هایشان شامل زیست‌شناسی، علوم کامپیوتر و ریاضی می‌شود - به اصطلاح بیوانفورماتیکان.

استن پوسلاوسکی، مدیرعامل، به TechCrunch او میگوید : «این یک رویکرد سبک «بدون کد» برای زیست‌شناسان است و ما همچنین یک SDK (کیت توسعه نرم‌افزار) [متن باز] منتشر می‌کنیم که به بیوانفورماتیک‌ها اجازه می‌دهد برنامه‌های واقعی بسازند.

در طول فعالیت علمی من و بنیانگذارانمان، شاهد ناکارآمدی بزرگی بودیم. . . او توضیح می دهد که چگونه درمان های مدرن، داروهای مدرن چگونه توسعه می یابند. "به دلیل این اصطکاک بین داده ها - داده های بزرگ تولید شده توسط زیست شناسان، داده های توالی یابی - و تجزیه و تحلیل داده هایی که برای آنها در دسترس نیست."

در حالی که «هزاران» نرم‌افزار و ابزار وجود دارد که می‌توانند داده‌های NGS را تجزیه و تحلیل کنند، او او میگوید که بیشتر آن‌ها در دانشگاه توسعه یافته‌اند، جایی که تمرکز بیشتر روی ابزارها است تا قابلیت استفاده.

او او میگوید همچنین نیاز به زیست‌شناسان برای جمع‌آوری و ادغام نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل‌های متعدد وجود دارد. "در یک تصویر یکپارچه، به شما امکان می دهد بفهمید چه اتفاقی در حال رخ دادن است. و این جایی است که پلتفرم ما به طور چشمگیری کمک می کند.» او پیشنهاد می کند.

این استارت‌آپ امیدوار است پلتفرم آن بیوانفورماتیکان را از فراخوانی برای مقابله با کار غرغر پردازش داده‌های ژنومی رها کند تا این دانشمندان چند رشته‌ای بتوانند مهارت‌های خود را در وظایف پیچیده‌تر ساخت الگوریتم‌هایی که ممکن است به پیشرفت علم پیشرفته کمک کند، به کار گیرند.

پوسلوسکی او میگوید : «بیوانفورماتیک‌ها در واقع زمان زیادی را صرف اجرای یک نرم‌افزار برای زیست‌شناسان می‌کنند. برای پردازش این داده‌ها، باید ماشین‌های لینوکس داشته باشید، SSH را مرور کنید، ابزارهای نرم‌افزاری پیچیده‌ای را اجرا کنید تا تجزیه و تحلیل را انجام دهید و بینش را از داده‌ها دریافت کنید.»

«[یک پزشک] هیچ مهارتی برای انجام این کار در لینوکس، در خوشه HPC [محاسبات با کارایی بالا] ندارد، زیرا کارهای دیگری برای انجام دادن دارد. و این همان کاری است که اکثر بیوانفورماتیکان در شرکت ها و دانشگاه ها انجام می دهند، در واقع، این کار ماهانه اجرای ابزارها است.

در روز پنج‌شنبه، MiLaboratories رسماً SDK خود، Platforma.bio را منتشر کرد، که به توسعه‌دهندگان شخص ثالث اجازه می‌دهد برنامه‌ها را به اشتراک بگذارند – اگرچه چندین سال است که در آزمایش آلفا و بتا قرار داشته است. (پوسلاوسکی او میگوید «حدود 300 آزمایشگاه» از نسخه بتا استفاده کرده‌اند و «حدود 20» برنامه از طریق این پلتفرم تاکنون در دسترس قرار گرفته‌اند.)

اولین برنامه‌هایی که در این پلتفرم موجود هستند، حول برنامه‌های بیولوژیکی و بیوانفورماتیک ما ساخته شده‌اند که بسیار محبوب هستند. . . [با] شرکت‌ها و افرادی که در پیشرفت‌های درمان ایمنی نقش دارند. اما ما قبلا داریم. . . مجموعه خوبی از همکاری ها و افرادی که مایل به ارائه برنامه های کاربردی خود در این پلتفرم هستند، هم از دانشگاه و هم از صنعت.

استارت آپی که در سال 2021 تأسیس شد، همچنین یک دور سرمایه گذاری 10 میلیون دلاری سری A را برای ادامه توسعه، با تمرکز بر سرمایه گذاری در ایجاد جامعه، اعلام کرده است.

دلیل اصلی جمع آوری پول این است که دست های بیشتری را به توسعه پلتفرم خود متصل کنیم. ما مهندسان بیشتری را استخدام می کنیم. ما در حال استخدام کسانی هستیم که به آن مدافعان توسعه‌دهنده می‌گویند، که فناوری را در اطراف - در درجه اول - جامعه دانشگاهی تبلیغ می‌کنند، زیرا بیشتر نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک در دانشگاه توسعه می‌یابند.

او می‌افزاید: «در سال آینده [ما] بر گسترش فناوری در سراسر جامعه و مشارکت دادن جامعه برای ساخت برنامه‌هایشان، بسته‌بندی نرم‌افزارهای موجودشان و ارائه آنها از طریق پلتفرم تمرکز خواهیم کرد».

سری A MiLaboratories توسط Kfund مستقر در مادرید با مشارکت Acrobator Ventures، EGB Capital، Courtyard Ventures، Somersault Ventures، Speedinvest و Ten13 هدایت می شود.

میگل آریاس، شریک عمومی Kfund در بیانیه‌ای اظهار داشت: «سرمایه‌گذاری در پلتفرم‌هایی که شکاف بین توسعه‌دهندگان (در این مورد بیوانفورماتیکان) و کاربران تجاری (در این مورد زیست‌شناسان) را پر می‌کند، هسته اصلی کاری است که ما می‌خواهیم انجام دهیم. در صندوق ما پتانسیل فوق‌العاده‌ای در دموکراتیک کردن دسترسی به داده‌های پیچیده وجود دارد که امکان ارائه بینش‌های ایمنی‌شناختی را فراهم می‌کند.»

MiLaboratories نرم افزار خود را به صورت رایگان به دانشگاهیان ارائه می دهد، اما از طریق یک مدل پولی برای کاربران تجاری نیز درآمد کسب می کند. به گفته پوسلاوسکی، استارتاپ در این مرحله به 100 مشتری پولی نزدیک می شود.

او خاطرنشان می‌کند: «بسیاری از شرکت‌های بزرگ داروسازی – مانند Moderna، Bristol-Myers Squibb – مشتریان ما هستند.»

در آغاز سال 2022، این استارتاپ یک دور اولیه 2.5 میلیون دلاری را جمع آوری کرد. همچنین قبلاً یک پیش دانه کوچک از چند فرشته گرفته بود.

پوسلاوسکی در بحث چالش‌های توسعه پلتفرم زیست‌شناسی محاسباتی او میگوید که حجم سرسام‌آور داده‌ای که توسط NGS تولید می‌شود به این معنی است که استارت‌آپ باید توجه بسیار دقیقی به تضمین کارایی پردازش برای جلوگیری از ایجاد «هزینه‌های دیوانه‌کننده» داشته باشد.

او تاکید می‌کند: «میزان داده‌های تولید شده در فضا واقعاً دیوانه‌کننده است. شرکت های بزرگ داروسازی، مشتریان ما. . . آنها پتابایت داده های ژنتیکی دارند که تاکنون تولید شده اند. پس این مقیاس بزرگ است. »

MiLaboratories چیزی را توسعه داده است که پوسلوسکی به عنوان یک فناوری "بسیار پیچیده" و "از لحاظ ریاضی اثبات شده" معرفی می کند که امکان انجام بسیاری از محاسبات را به "روشی بسیار بهینه" فراهم می کند. او پیشنهاد می‌کند که این فناوری - که آن را ثبت اختراع کرده است - پلتفرم را قادر می‌سازد تا بازدهی 10 برابری را در مقایسه با سایر انواع گردش کار محاسباتی به دست آورد.

"این یک چیز بسیار مهم است. این از چشم زیست شناس پنهان است - زیرا پیشنهاد ارزشمند برای زیست شناس این است که "من می خواهم روی دکمه ها کلیک کنم و بینش پیدا کنم" - اما برای صاحبان مشاغل بسیار مهم است.

از نظر رقابت، پوسلاوسکی از Seqera (و نرم افزار Nextflow آن) به عنوان نزدیک ترین رقیب - از نظر محبوبیت و ارزش پیشنهادی نام می برد. همچنین ابزارهای منبع باز برای پردازش NGS مانند Galaxy وجود دارد، اما MiLaboratories بر این باور است که پلتفرم آن مسیر در دسترس تری را برای بینش داده به محققان ارائه می دهد.

خبرکاو